מזכר וואי נחתם לאחר קיום ישיבות בין משלחות מישראל, הרשות הפלסטינית וארה”ב בנושא ביצוע הפעימה השנייה על בסיס פרוטוקול חברון. מסגרת הזמן שהוקצתה לביצוע ההסכם כללה 5 שלבים שהתפרסו על פני 12 שבועות. מטרתו של מזכר ואי הייתה להחזיר את תהליך השלום חזרה למסלול ולגרום לשני הצדדים לחזור לשולחן המשא ומתן.
במסגרת ההסכם שנחתם נקבע כי ישראל תעביר עוד כ־13% מהשטחים אל שליטת הרשות הפלסטינית והרשות בתמורה תיזום פעולות להפסקת הטרור היוצא משטחה, תאסוף את הנשק הבלתי חוקי, תפעל להפסקת ההסתה, ותמחק את הסעיף באמנה הפלסטינית הקורא להשמדת ישראל.